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Posso adicionar uma categoria de arquivo em um módulo personalizado?

Sim!

Dropfiles foi desenvolvido para ser usado em todos os campos do editor WYSIWYG, bastando ter um plugin de conteúdo para ser chamado.
Na maioria das vezes ele está ativado por padrão. Não é o caso do módulo personalizado HTML do Joomla, você precisa ativá-lo.

Na guia de opções, você precisa definir a opção Preparar conteúdo como Sim.