すべてのメディアタイプで WP Media Folder を使用できますか？

はい、プラグインはWordPressのものとまったく同じように機能します。 Wordpressがメディアを処理する場合、 WP Media Folder もそれを行います。

また、リモートビデオ（Youtube ...）、アニメーションGIF、クラウドサービス（Googleドライブ、Dropbox、 OneDrive）などの新しいメディアタイプを（オプションとして）追加しました。