Есть ли риск потерять контент?

Нет, это одно из главных преимуществ использования пользовательской таксономии: ваши медиа, медиа и медиа-ссылки останутся нетронутыми на вашем сервере.

Даже если вы удалите плагин, медиа-менеджер вернется в нормальное состояние со всеми вашими медиафайлами в списке.